Het bestuur van Wateropleidingen stelt het beleid, de begroting en de jaarrekening vast. Het bestuur bestaat uit:
Secretaris-directeur Waterschap Brabantse Delta
Directeur - Bestuurder bij Waterleiding Maatschappij Limburg (WML)
Algemeen directeur TAUW Group B.V.
Manager Stadsbeheer, Gebiedsbeheer Centrum en Delfshaven bij Gemeente Rotterdam (namens KNW)
Secretaris-directeur Waterschap Noorderzijlvest
Secretaris van het bestuur (directeur van Wateropleidingen)